쇼와 6년에 준공된 대겸산 수학관을 이용해, 2007년 8월에 리뉴얼 오픈. 박물관의 컨셉은 「교류형 박물관」. 교류를 통해 대학의 연구나 전통이 어떻게 사회와 연결되는지를 발신하고 있다. 현재는 약 600점의 학술 표본 자료가 전시되어 있어, 그 중에서도 눈길은 세계 최대급의 「악어의 화석」. 이것은, 약 50만년 전의 오사카에 서식하고 있었던 것으로, 대학의 캠퍼스 건축 현장으로부터 출토된 것. 2층에는 대학의 뿌리인 '회덕당'과 '적학원'에 관한 자료를 전시. 가이토쿠도는 에도 시대초 사람들의 손으로 창설되어 오사카의 학문적 토양을 널리 일반 시민에게까지 뿌리 내리는 역할을 했다. 적숙은 오가타 홍암이 창설하고 후쿠자와 유키치를 비롯한 일본의 근대문화 여명기를 쌓은 젊은이들이 여기서 배웠다. 또 쇼와 14년에 개발된 국산 제1호의 전자현미경의 전시와 X선을 사용하여 대학이 실시한 일본 최초의 단백질 구조가 입체적으로 모형으로 표현되고 있다. 이 전시는 오사카 대학이 빛과 전자의 연구로 시대의 최첨단을 달리고 있었다는 것을 증명하고 있다. 그 외 대학에서는 160만점을 넘는 학술 표본 자료가 보존되어 있어 전시 방법 등을 고안하면서 순차적으로 공개해 나갈 예정이다.